Fundusz Spójności wspiera dwa sektory: środowisko i transport. Od daty akcesji Polska stała się największym beneficjentem środków z Funduszu Spójności spośród wszystkich krajów członkowskich UE. Środki z Funduszu Spójności pomogą Polsce wywiązać się ze zobowiązań akcesyjnych związanych z dostosowaniem do norm UE w najtrudniejszych i wymagających największych nakładów finansowych obszarach, w których Polska uzyskała najdłuższe okresy przejściowe. Wsparcie na duże projekty inwestycje z zakresu ochrony środowiska mogą uzyskać jednostki samorządu terytorialnego, tworzone przez nie związki gmin lub inne podmioty publiczne, np. przedsiębiorstwa komunalne będące własnością gminy.
Współfinansowanie z Funduszu Spójności mogą uzyskać inwestycje z takich dziedzin jak:
* poprawa jakości wód powierzchniowych
* polepszenie jakości i dystrybucji wody przeznaczonej do picia
* racjonalizacja gospodarki odpadami i ochrona powierzchni ziemi
* poprawa jakości powietrza
* zapewnienie bezpieczeństwa przeciwpowodziowego